Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Muhammadiyah Pekalongan berdiri sejak tahun 2004 berdasarkan SK Mendiknas RI  Nomor : 213/D/0/2004 tertanggal 31 Desember 2004. STIE Muhammadiyah Pekalongan merupakan pengembangan dari Akademi Muhammadiyah (AAM) Pekalongan yang sudah berdiri sejak tahun 1997 berdasarkan SK Mendikbud RI Nomor: 40/D/0/1997 tertanggal 18 Juli 1997.

STIE Muhammadiyah Pekalongan memiliki dua program studi yaitu D3 Akuntansi (yang telah memperoleh perpanjangan ijin penyelenggaraan Nomor : 3579/D/T/K-VI/2009 tanggal 6 Oktober 2009) dan Program Studi S1 Akuntansi (berdasarkan surat perpanjangan ijin penyelenggaraan nomor : 2493/D/T/2007 tertanggal 23 Agustus 2007).

STIE Muhammadiyah Pekalongan merupakan perguruan tinggi yang mempersiapkan lulusan Diploma dan Sarjana Ilmu Ekonomi yang profesional dan berakhlaqul Karimah. Sampai dengan tahun 2009 Progdi D3 d/h AAM Pekalongan telah meluluskan 10 kali angkatan lulusan, dengan jumlah 974 orang lulusan Diploma dan Progdi S1 telah meluluskan 2 kali angkatan lulusan dengan jumlah lulusan 91 orang Sarjana. Dari sekian banyak lulusan tersebut telah tersebar dan bekerja di berbagai instansi negeri dan perusahaan swasta.

Dalam upaya mewujudkan pertanggungjawaban tentang proses penyelenggaraan pendidikan baik kepada pemerintah maupun masyarakat, Progdi D3 Akuntansi telah terakreditasi berdasarkan SK BAN PT Depdiknas Nomor: 009/BAN-PT/Ak-VIII/Dpl-III/2008 tertanggal 3 Agustus  2008 dan Progdi S1 terakreditasi berdasarkan SK BAN-PT/Ak-Xi/S1/VII/2008 tanggal 5 Juli 2008. Demikian pula untuk meningkatkan kualitas dosen, secara bertahap ditugaskan studi lanjut.